El Acuario Interactivo trabaja con un sistema de filtración cerrado, es decir, el agua en la que se mantiene a los organismos proviene de un pozo  de agua salada perforado a 70 metros de profundidad.

El departamento de acuarística está dividido en las siguientes áreas:

·    Laboratorio de alimento vivo.
·    Laboratorio de calidad del agua.
·    Área de cuarentena.